Пуерто-Мальдонадо розташований в департаменті Мадре де Діос, північному заході країни в зоні джунглів. Місто знаходиться на висоті 183 метра над рівнем моря.
Перто Мальдонадо був
заснований 10 липня 1902 вченим Фаустіно Мальдонадо, який досліджував річку Мадре де Діос від самих її витоків до злиття з річкою Тамбопата.
Місто є воротами в
три національних заповідники перуанській Амазонії, де зберігаються природні скарби країни - різноманітність флори і дикої фауни джунглів Ману, Бауаха-Сонене і Тамбопата-Кандамо.
Клімат в регіоні. Середньорічна температура: +21 º C +34 º C. Сезон дощів з грудня по березень. Клімат жаркий і дощовий протягом усього року.